Si la fauna es rica, la flora no se queda atrás. Presenta 2.100 especies de fanerógamas descritas (Benavente Navarro, Alfredo.1996), lo que supone que alrededor del 25 % del catálogo de especies españolas se encuentra representado en el Parque. De ellas, 356 son endemismos: 34 locales, 108 andaluces, 214 iberoafricanos. Sólo la vecina Sierra Nevada cuenta con un mayor número de endemismos  locales  debido entre otras cosas a su altitud.
Las causas de esta diversidad son muchas pero, al menos, dos hechos son básicos para comprenderla:

  a) la singular situación de la Península como vía de paso entre el continente africano y el europeo: el estrecho de Gibraltar es una barrera menor al paso de semillas y aves y, además, permaneció cerrado hasta tiempos geológicamente muy recientes, permitiendo el paso de especies vegetales de uno a otro continente.   

  b) Las glaciaciones produjeron una migración de especies de origen más norteño hacia el sur, donde formaron reductos en las montañas al producirse la retirada del hielo. El aislamiento posterior y la acumulación de variaciones han supuesto un importante fenómeno de especiación, responsable de la valiosa diversidad que hoy día podemos contemplar.

Las especies endémicas suelen estar relegadas a las zonas más inhóspitas y descarnadas: cortados, altas cumbres, barrancos de difícil acceso, grietas olas zonas más bajas y semiáridas presentes en el borde sureste del Parque,  fundamentalmente debido a la presión de los herbívoros.

En este sentido, las zonas más altas de la Sierra del Pozo, están incluidas en el Área de Reserva de Navahondona-Guadahornillos y en ellas podemos encontrar especies como la violeta de Cazorla, símbolo inequívoco del Parque, el erodio de Cazorla o la aquilegia de Cazorla.

La vegetación más característica del Parque la constituyen los extensos pinares, desde los del pino laricio o bandera (pinus nigra subesp. Salzmannii), cuyas cortezas plateadas y formas moldeadas por el viento en las altas cumbres, sobrecogen al visitante; pasando por los del pino pinaster o resinero de la media montaña, que tienen el doble record de portar las acículas más recias y largas y las piñas más grandes (hasta 22 cm.) de todos los pinos europeos; hasta llegar a los pinares de pinos halepensis de la baja montaña de ramas blanquecinas y follaje verde claro.

Otras formaciones vegetales son los bosques de quercíneas, tanto encinares en zonas menos húmedas, como robledales en las zonas más húmedas, los acerales, los espinares de crataegus y arros, los piornales almohadillados de la alta montaña, los sabinares-enebrales, los romerales y los tomillares. Mención aparte deben tener los avellanares mesófilos relictos, recuerdo de épocas más húmedas y de los que quedan manchas más o menos extensas en algunas zonas húmedas y umbrías del parque, así como la vegetación esteparia y halófita de Pozo Alcón, Hinojares y Huesa.

Una de las riquezas ecológicas del Parque Natural de las Sierras de Cazorla, Segura y el Pozo es la flora y la vegetación.

Son pocos los territorios que pueden competir en riqueza y originalidad florística con el Parque Natural de Cazorla. Segura y el Pozo.

Unas 2.200 especies de plantas con flores están citadas, de las cuales cerca de 50 son plantas exclusivas –endémicas- que no existe en ninguna parte del Planeta. Las formas vegetales son numerosas y a nivel general, bien conservadas.    

El jardín botánico “El Hornico”, situado al final de uno de los entrantes del embalse de la Bolera, en el Arroyo del Vidrio, es uno de los 6 Jardines Botánicos que existen en España. A su indudable interés científico y educativo hay que añadir la belleza del paisaje donde está situado, cumpliendo los siguientes objetivos: - Representa la vegetación de las Sierras de Cazorla, Segura y las Villas. - Trabaja la conservación de especies autóctonas y en peligro de extinción. - Sirve de escenario para actividades de educación ambiental.